介绍黄河中下游沿线分布的5个湿地自然保护区的性质、保护对象及生境类型，针对防洪工程建设的特点，分析工程建设对自然保护区湿地生境、植物资源及鸟类的影响。结果表明：补水工程的影响可以恢复，对湿地生境的影响可以补偿，工程占地对植物多样性基本没有影响，对保护植物野大豆的影响不大。采取生态恢复与补偿措施后，防洪工程的建设不会影响保护区湿地水源的补给关系，不会影响保护区的生态完整性。村庄外迁可以增加保护区鸟类栖息环境，减少人类活动对鸟类的干扰，同时工程所植草、树将为保护区鸟类提供新的栖息场所，有利于鸟类生存和繁衍。工程建设对保护区的主要不利影响为施工期施工活动、取土场占地、施工噪声、生活区夜间灯光等，采取减缓措施后，工程实施对保护区的影响是可以接受的，不存在制约工程实施的环境因素。