针对现有流域初始水权配置方法在实践过程中缺乏可操作性、协商成本过高的现实，提出“两层次三阶段”的流域初始水权和谐配置方法。首先介绍流域初始水权和谐配置的内涵，然后探讨流域初始水权和谐配置的核心思想、本质特征、表现形态，以及实践理念，旨在有效缓解水权分配过程中的冲突与矛盾，为保护流域水资源和生态环境，协调上下游和左右岸区域的正当用水权益，促进人水和谐，构建和谐社会提供理论支撑。