通过采集苏州有机重污染河道南园河疏浚段、未疏浚段底泥和水质较好的内城河底泥进行菹草种植试验，分析各种底泥栽种菹草后上覆水体营养盐质量浓度的变化、菹草生长特点、浮游藻类和底栖附泥藻类的繁殖情况，研究疏浚对菹草水生态环境的影响。结果表明：重污染河道疏浚可以降低底泥中的营养盐浓度，有利于恢复菹草生境和改善水生态环境；河道疏浚后底泥TN、TP、有机质质量比分别降为1.50 g/kg、1.00 g/kg、27.00 g/kg左右时，浮游藻类和底栖附泥藻类的繁殖受到抑制，菹草生物量增加，上覆水体的营养盐质量浓度降低；经过一段时期的泥水界面反应，疏浚后的底泥含水率得以提高，底栖附泥藻类数量及生物量将会增加，将恢复菹草、浮游藻类和底栖附泥藻类共存并相互制约的生物多样化的水生态环境。