通过长江南京段18个水功能区水质的5a变化趋势，分析主要污染源及其入江排污量，提出了各水功能区限制排污总量和入江污染物削减建议。结果表明：长江南京段2005—2009年期间，83.3%的水功能区达标率均随时间呈下降趋势，2009年83.3%的水功能区所有的水质监测点均没有达到其水质目标；主要污染源头为通江河道，其COD、NH₃-N排放量分别占入江排污总量的65.7%、49.9%；工业、企业排污口的COD、NH₃-N排放量分别占入江排污总量的20.9%和25.0%。长江南京段水体COD限制排污总量为6.59万t/a，NH₃-N限制排污总量为0.26万t/a；需要削减污染物的水功能区包括5个饮用水水源区、1个保留区和3个渔业、农业、工业用水区；削减任务最重的为饮用水水源区，其COD和NH₃-N削减率分别在87.0%～99.0%和17.8%～97.4%之间。