对流域生态补偿法律关系认识的混乱，一定程度上影响到流域生态补偿的制度实践及制度完善。明确流域生态补偿法律关系的主体是正确认识流域生态补偿法律关系的前提。抑损性流域生态补偿法律关系的主体包括政府(流域生态补偿费的征收主体)和受益者(流域资源的开发利用者)，增益性流域生态补偿法律关系的主体包括政府(流域生态补偿的实施主体)和贡献者(为流域生态恢复与改善作出贡献的公民、法人或其他组织)。立法确立政府在流域生态补偿法律关系中的主体地位，发挥其在流域生态补偿中的协调作用，满足受益者的流域资源开发利用需求，调动贡献者的流域生态保护积极性，建立以行政权为核心的良性互动的流域生态补偿法律关系体系，有助于我国流域生态补偿法律制度的完善。