产业技术创新联盟已成为创新驱动发展、产业转型升级的重要组织形式，但联盟在组建和运行过程中的失败率较高，究其根源，联盟合作伙伴选择不当是主要原因之一。基于国内外联盟合作伙伴选择领域的研究成果，提出产业技术创新联盟合作伙伴选择是联盟与合作伙伴的一个双向选择，且联盟合作伙伴选择也离不开政府作用的命题。利用有效问卷数据从产业技术创新联盟的功能、合作伙伴加入产业技术创新联盟的要求、政府政策3个方面进行因子分析得到相关结论，提出从政策引导、联盟协调、主体和谐3个方面加强和优化联盟合作伙伴选择行为。