产业结构优化是生态文明建设的重要诉求和手段。结合我国产业结构的演化情况，分析了产业结构演进过程中存在的生态问题及其产生原因。采用灰色关联度分析法对我国污染物排放水平与三次产业的关系进行分析，发现第二产业对生态文明建设水平的影响最大，其次是第三产业和第一产业。在此基础上，分别从三次产业间比例优化和各产业内部结构优化角度，提出生态文明下我国产业结构优化对策：在产业间层面，保持第一产业产值稳定增长，控制工业产值，适度降低第二产业比重，加快发展服务业，提高第三产业比重；在各产业层面，要促进各产业内部结构优化，发展生态产业、循环经济，逐步实现农业、工业、服务业的生态化转型。