水系连通是增强洪水调度能力和促进河道水生态环境改善的重要途径。南京市秦淮河流经南京主城,提高河道行洪能力，对保障南京城市防洪安全具有重要意义。针对秦淮河河道行洪能力不足等问题,在论证秦淮东河工程建设必要性和建设规模基础上,分析了工程线路布局和河道断面形式,结合项目特点和地区实际对工程建设需把握的重点进行了探讨,提出对策建议,并从防洪、水资源利用和水环境改善等方面进行了效益分析。分析结果可供秦淮东河项目的建设及其他地区城市防洪和水生态环境改善建设借鉴。