流域生态补偿中的交易费用是衡量补偿机制运作效率的重要指标。现阶段流域生态补偿的模式主要包括政府补偿模式、市场模式和准市场模式3种,不同补偿模式下又有多种形式。通过对不同模式下交易费用的内容进行界定和比较可以发现:不同的流域生态补偿模式下的交易费用存在部分相同计量内容,但不同模式下由于效率不同,其大小也是不同的。现阶段,准市场模式下单位交易费用取得的效果较好,即这一模式更有效率。流域生态补偿模式的选择应当适应外部社会环境和流域实际情况。