长江流域由于水土流失、污染物的偷排乱排、水资源的浪费、缺乏有效的管理机制等原因导致其水质恶化、生态和生物多样性遭到破坏，水资源利用前景不容乐观。为保持长江流域水资源的可持续利用，必须对流域进行整体综合治理；进行水功能区划，加强排污总量控制和审批制度，加强水质监控，健全流域水污染突发事件的应急机制，加强科研，提升水资源保护的技术能力，建立健全水资源保护法规体系，加强流域与区域各部门的协作与配合，建立健全联合保护的长效机制，使流域的水资源现状得到改善。 