通过对南通市区5条主要河道柱状底泥样品重金属元素质量比的实验分析，探讨河道重金属污染的分布特征，并进行潜在生态风险评价。结果表明：①各重金属元素质量比均超过土壤背景值，污染较重，其中Hg污染最为严重；②重金属污染在垂直分布上分为未受干扰、正常沉积的“表层高、底层低”和受清淤治理措施影响的非正常沉积的“表层低、底层高”两种分布格局，在水平分布上具有“城市中间河流高、外围河流低”和“中上游河段高、下游河段低”的分布特征；③从重金属污染的潜在生态风险看，濠河和法伦寺河潜在生态风险强，姚港河生态风险中等，任港河和南川河生态风险轻微。各重金属元素对生态风险的影响程度大小依次为：Hg>Cu>Zn>Cr>Pb。