江苏省小庙洪牡蛎礁是发育在淤泥质滩涂上、生长于沙洲潮间带、鲜活牡蛎发育在古牡蛎礁上而成的礁体，近年来随着外围环境变化、人类开发活动影响，脆弱的牡蛎生境不断恶化，生物多样性受到严重威胁.根据小庙洪牡蛎礁的地貌特征、沉积环境、水文状况、生物特色等，对整个生境进行评估.从建设国家自然保护区的思想出发，初步设想拟建保护区总面积约3.552ｋｍ²，核心区面积1.082ｋｍ²，缓冲区面积2.194ｋｍ²，外围实验区0.276ｋｍ².并提出相应建设和管理策略，为小庙洪牡蛎礁生态改善和当地可持续发展提供科学依据.