为实现子流域划分、编码过程中多汇流编码并达到加密无分叉河段的要求，提出一种新型的子流域编码规则——干支拓扑编码规则。它以河网干支流拓扑关系为基础，采用层次继承式编码规则，从流域出口逆流而上逐个对子流域进行编码。该编码规则能确保上游子流域编码始终包含下游编码信息，从而实现上下游拓扑关系运算。渭河流域应用实例表明，干支拓扑编码规则符合单向流不规则树状结构编码要求，能实现单枝结构、二叉结构以及多叉结构的拓扑编码。