影响水利工程投资变化的因素可以分为市场因素、经济因素、设计因素、工期因素、不可预见因素等。选用南水北调东线江苏某段工程的投资变化数据,运用多元方差分析的方法就影响因素对不同工程投资变化的影响进行实证分析。结果表明，影响因素对不同工程的投资变化影响存在显著性差异,工程规模越大影响因素的影响程度就越大。据此提出在水利工程投资控制中必须优化价差管理方法，加强设计管理，减少设计变更，建立“静态投资、动态管理”体系来实现对工程投资变化的控制。