太湖流域非点源污染主要来源于农田尾水、畜禽与水产养殖、城镇生活污水、水域底泥释放、水生生物腐败释放、农村固体垃圾和农业副产品污染等。针对非点源污染的特点，提出以流域为单元，建立非点源治理的方针和管理战略：在控源的前提下，实施生态阻截及以生态措施为核心的综合治理，推行有机农业和生态农业，加快中小城镇污水处理厂建设，建立农村环境管理体制等 。