通过对南京市水源地水质和影响水源地环境的污染源调查，提出了南京市饮用水源地保护及污染防治对策。为保护长江南京段水环境，应切实加强对沿江工业污染源的管理，健全城市污水排送收集系统，协调沿江开发与水资源保护，优化现有饮用水源保护区；为加强郊县农村饮用水源地保护，应巩固和提升郊县工业污染源管理水平，加强“三产”管理，控制面源污染，通过改水根本改善水质；建立水源地保护与管理联席制度；加强监测能力和管理能力建设。