农业灌溉在提高农业抗灾能力、促进农业发展、改善人民生活中都发挥了十分重要的作用。但同时，灌溉打破了原有水量平衡、水土平衡、水沙平衡和水盐平衡。造成的负面效应有：水污染加剧对物理系统、生物系统(动植物和人类健康等)产生负面影响；水资源短缺降低了历史文化景观价值，对社会系统产生负面影响。应加强流域和区域灌溉水源统一调度，协调灌溉用水和生态环境用水的关系，大力发展节水灌溉，加强灌溉工程运行管理，减小农业灌溉负效应。 