详细分析了2004～2006年度棘洪滩水库浮游藻类的细胞密度及种群结构变化。2004年进水口与放水口藻类细胞密度年均值分别为3.892×10⁶／L和2.269×10⁶／L，冬季以硅藻为主，春季以隐藻、金藻为主，夏、秋季以蓝藻为主。2005年进水口与放水口藻类细胞密度年均值分别为6.654×10⁶／L和5.903×10⁶／L，冬、春季以硅藻、隐藻为主，夏季以绿藻为主，秋季则以蓝藻为主。2006年进水口与放水口藻类细胞密度年均值分别为3.001×10⁶／L和3.687×10⁶／L，夏末至秋季绿藻占优势，代替了先前在此阶段占优势的蓝藻，其他季节多以硅藻为主，隐藻和金藻分别在冬季和春季占有一定比例，说明2006年的水质状况较2004年、2005年有所改善。棘洪滩水库藻类峰值出现在夏末和秋季，此阶段水库的水质呈中富营养状态，其他月份为中营养或贫营养状态。Shannon-weaver多样性指数显示，目前水库的水质总体呈中度污染。入库的源水质量对水库水质影响很大，控制引入的源水质量并采取相应的生物防治措施可有效避免水库发生富营养化。