以中央—地方的纵向层次和政府部门的横向层次形成的纵横交错管理格局为切入点，以东江流域为案例，分析了东江水源环境管理的制度体系。通过东江水源纵横管理机构的职能、管理范畴及其功能、权限之间的对比，指出目前东江水源管理在决策、执行、执法、管理、支援、协调职能和权限上存在的冲突和问题，提出相应的建议和对策，为现阶段东江水源有效保护和环境管理提供政策支持。