氧对厌氧氨氧化菌有毒，但在颗粒污泥和生物膜中的厌氧氨氧化菌对氧有较高的耐受能力，并且聚磷菌能消耗影响氧氨氧化菌生长的氧。厌氧氨氧化菌的生长无需有机物的参与，聚磷菌释磷需要吸收有机物，少量有机物的加入对厌氧氨氧化菌的活性影响不大。亚硝酸盐是厌氧氨氧化菌氧化氨的电子受体，较高浓度的亚硝酸盐对反硝化聚磷有抑制作用，但合适浓度的亚硝酸盐(该浓度可以通过驯化来提高)可以作为反硝化聚磷菌吸磷的电子受体。厌氧氨氧化过程中有硝酸盐生成，反硝化聚磷菌能利用这部分硝酸盐。另外，两类菌都适宜于中温略偏碱性的环境。因此，通过创造同时对厌氧氨氧化菌和反硝化聚磷菌有利的微生态环境，发挥两者在脱氮除磷方面的协同耦合作用，达到高度脱氮除磷，是极有前景的废水厌氧(缺氧)处理研究方向。