采用水质单项指数法和综合指数法，分别选取一般污染物和有毒有害污染物，对重庆市851个乡镇饮用水源地的1019个断面水质进行分析。结果表明：一般污染物单项指数范围为0.01～5.93，水质综合指数为0.50～5.93，饮用水水源地水质安全的监测断面占88.7％；有毒有害污染物单项指数范围为0.01～5.51，水质综合指数为0.10～5.51，水质安全的监测断面占98.6％。重庆乡镇饮用水源地水质状况总体较好，水质安全的监测断面占86.8％，不达标项目有高锰酸盐指数、生化需氧量、氨氮和石油类。在分析乡镇饮用水水源地存在问题的基础上，提出了进一步改善乡镇饮用水水源地水质、确保饮水安全的措施和对策。