基于2007年博斯腾湖北4县农业面源污染实测资料及博斯腾湖水质历史资料，计算了农田排渠污染物入博斯腾湖总量，并分析了博斯腾湖流域农业面源污染的来源、季节变化特点及其影响因素。结果表明，博斯腾湖流域农业面源污染产生的TN、TP和COD的总量分别为586万t、155万t、1006万t，其中95％以上的污染物来自畜禽养殖活动和化肥的施用；流域内产生的各种污染物主要通过33条排渠进入博斯腾湖，TN、TP、COD和盐量分别占入湖总负荷量的21％、21％、24％和48％，且排放时间主要集中每年4—9月；农业面源污染加重了博斯腾湖的咸化与富营养化趋势。根据博斯腾湖流域农业面源污染的特点，提出了推广节水灌溉、适度开发焉耆盆地地下水资源、推广平衡施肥技术等对策和建议。