近年来流域性洪水灾害呈现常态化发展趋势，现行的防汛组织体系已经无法适应越来越复杂的洪灾应急管理的要求，符合我国洪灾应急管理现实需求的管理体制只能是将科层制与合作制相结合。由此，提出“科层-合作”制的洪灾应急管理思想，并结合CMSS模式，构建“科层-合作”制下的洪灾应急管理组织框架，分析演化机制。在此基础上以淮河流域为例，构建“科层-合作”制的淮河流域洪灾应急管理组织体系，并与现行的淮河流域科层制防汛结构体系对比，得出前者更适应洪灾应急环境变化，从而使洪灾应急更有效的结论。